在灵界学园内，每个人都有自己的想法，各显神通，而教职员工们也在不断地探索，奋斗，让学园成为更加强大的存在，然而这一切却发生了改变。近期，灵界学园里的学生们骤然失踪，惊恐之中，学校方面却选择保持沉默。
一时间，恐慌开始蔓延，不少学生不敢上学，更有一些富家子弟甚至带着保镖前来上课。这时班里的主角：亚夜，芙蕾娅、剑崎凌辉、波江岛琴美、剑刃留衣等人开始着手调查学生失踪的事情。
他们总算探明，真兇竟不是人，而是学园内的树。灵界学园的树原本安分守己，却因为出现了一只生物而发生了异变。随着剧情的推进，亚夜和其他主角也开始面临着难以想象的手段和危险，而他们只能不断奋斗，探索，为了学校，也为了他们自己的生命安全。
整个故事中，恶魔高校第四季为了增加教学层次，更增加了人物群像数量，为观众带来了更为丰富的角色性格和故事情节，同时也使得剧情更为紧凑。其中的猎奇情节、恐怖情节、悬疑情节和爱情情节交织在一起，让人过足了瘾。
对于整个剧情而言，不同的角色各自带着不同的问题和内心矛盾，人物形象鲜明突出。而整个故事背景设定也相当有用心，恶魔高校第四季中人物间关系错综复杂，同时也隐藏着很多细节，让人捉摸不透。
